docs: 重构 API 文档结构并修正源码准确性

- 重组文档目录结构: 每个模块的概述页移动到模块子目录
- 重命名 index.md 为 main.md
- 修正所有模块文档中的错误:
  - math: FromEuler→FromEulerAngles, TransformDirection 包含缩放, Box 是 OBB, Color::ToRGBA 格式
  - containers: 新增 operator==/!= 文档, 补充 std::hash DJB 算法细节
  - core: 修复 types 链接错误
  - debug: LogLevelToString 返回大写, timestamp 是秒, Profiler 空实现标注, Windows API vs ANSI
  - memory: 修复头文件路径, malloc vs operator new, 新增方法文档
  - resources: 修复 Shader/Texture 链接错误
  - threading: TaskSystem::Wait 空实现标注, ReadWriteLock 重入描述, LambdaTask 链接
- 验证: fix_links.py 确认 0 个断裂引用

docs/api/math/matrix3/matrix3.md

@@ -0,0 +1,57 @@
+# Matrix3 / Matrix3x3
+
+3x3 矩阵结构体，用于表示 3D 旋转和缩放变换。
+
+**头文件：** `#include <XCEngine/Math/Matrix3.h>`
+
+**命名空间：** `XCEngine::Math`
+
+## 类型别名
+
+```cpp
+using Matrix3 = Matrix3x3;
+```
+
+## 存储方式
+
+行优先存储 (row-major)：
+```
+m[row][col]
+m[0][0] m[0][1] m[0][2]
+m[1][0] m[1][1] m[1][2]
+m[2][0] m[2][1] m[2][2]
+```
+
+## 构造函数
+
+- 默认构造函数初始化为零矩阵
+
+## 静态工厂方法
+
+| 方法 | 返回值 | 描述 |
+|------|--------|------|
+| [Identity()](identity.md) | `Matrix3` | 单位矩阵 |
+| [Zero()](zero.md) | `Matrix3` | 零矩阵 |
+| [RotationX(radians)](rotationx.md) | `Matrix3` | X 轴旋转矩阵 |
+| [RotationY(radians)](rotationy.md) | `Matrix3` | Y 轴旋转矩阵 |
+| [RotationZ(radians)](rotationz.md) | `Matrix3` | Z 轴旋转矩阵 |
+| [Scale(scale)](scale.md) | `Matrix3` | 缩放矩阵 |
+
+## 实例方法
+
+| 方法 | 返回值 | 描述 |
+|------|--------|------|
+| [Transpose()](transpose.md) | `Matrix3` | 转置矩阵 |
+| [Inverse()](inverse.md) | `Matrix3` | 逆矩阵 |
+| [Determinant()](determinant.md) | `float` | 行列式 |
+
+## 运算符
+
+| 运算符 | 描述 |
+|--------|------|
+| `operator*(Matrix3, Matrix3)` | 矩阵乘法 |
+| `operator*(Matrix3, Vector3)` | 矩阵-向量乘法 |
+
+## 相关文档
+
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